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Les organismes de recherche (CNRS, INSERM, INRA, INRIA, CEA, CEMAGREF, ADEME, ANVAR, INED,…) financent chaque année des doctorants.
Ces financements sont tous des CDD ou contrat de formation par la recherche (type ANR) généralement de 3 ans. Ils peuvent être intégralement financées par l’organisme de recherche ou faire l’objet de co-financements avec des entreprises ou des collectivités. Dans tous les cas, l’organisme est l’employeur du doctorant. Le candidat doit être titulaire d’un Master ou d’un titre équivalent au moment de la signature du contrat.
Les laboratoires peuvent financer des thèses sur leurs ressources propres obtenues dans le cadre de contrats de recherche avec des partenaires privés. Le ou les partenaire(s) confient à l’université la réalisation d’une prestation de recherche bien définie du fait de compétences reconnues dans le laboratoire. Ils en financent ainsi la réalisation, y compris les coûts en personnels.